法官席位之争

由于《远东国际军事法庭宪章》没有明文规定法官席位的次序，来自澳大利亚的威勃庭长为了让英、美法官，特别是前宗主国——英国的法官坐在他的两侧，提议法官次序应该参照联合国安全理事会的顺序，以澳大利亚、美国、英国、中国、苏联、法国、加拿大、印度、荷兰、新西兰、菲律宾为序。梅汝璈法官说：“我认为法庭座次应该按日本投降时各受降国的签字顺序 排列才最合理。如果庭长和大家不赞成这一办法，我们不妨找个体重测量器来，看看各位法官的体重是多少，然后以体重之大小排座。体重者居中，体轻者居旁。”他巧妙地将法官的体重隐喻为国家的强弱，法官们都笑了。开庭前一天举行预演，威勃庭长宣布法官次序，中国仍屈居英国之后，并强调这是驻日盟军总部的最终意见。梅汝璈法官立即脱去黑色丝质法袍，表示抗议。由于他的态度坚决，法官们进行了表决，终于使法官座次按照受降签字国的顺序合理确定。我们今天能够看到大量东京审判的照片中梅汝璈法官都是紧邻威勃庭长，而不是排在“在远东毫无建树”的英国的法官之后。

国旗位次之争

法官座次确定之后，梅汝璈法官发现中国国旗排在美国之后，居于第二位。他立即向威勃庭长提出中国国旗应当插到第一位。美国法官马上反对。梅汝璈法官说：“残暴的日本法西斯分子在侵略战争中犯下了滔天罪行，深受其害的中国人民伤痕累累，几千万亡灵沉冤九泉。17年间 为抗击日本侵略者，我国军民伤亡逾3500万人，财产损失逾2000亿美元，击毙击伤日军达130万，占日军在第二次世界大战中伤亡的总数的70%。事实充分说明，中国正是打败日本军国主义的主力。”中、美法官几番唇枪舌剑之后，美方终于让步，中国国旗排在了首位。这是1840年以后中国国旗在列强参加的国际活动中首次居于第一位。他以其正义的行为捍卫了中国这个对日抵抗时间最长、损失最大的国家的尊严。
判决书撰写之争

1946年5月3日，远东国际军事法庭在东京原陆军省大楼开庭，在日本军部审判日本战犯最合适不过。在两年半的紧张而漫长审判中，梅汝璈法官做包括建议将南京大屠杀作为一个独立的单元审判等大量工作。但由于东京审判按照英美法系对抗式诉讼的原则展开，法官在审判中必须保持绝对中立的地位，这决定了他不可能像检察官们那样痛快淋漓地指控日本战犯的罪行。工作之余，他以打太极拳放松心情，而太极拳也充分表现了梅氏柔中带刚的性格。1948年4月，法庭进入起草判决书阶段。有的法官主张判决书统一撰写。梅汝璈法官认为:“日本近代对中国武装侵略应当从1874年侵略中国台湾起算，到1945年无条件投降结束，在长达四分之三个世纪的时间里，日本军国主义犯下的罪行中国受害最深，中国人民最明白自己的痛苦，中国人最有发言权。因此，法庭判决书中有关中国的部分理当由中国人自己书写。”经过法官们讨论，决定由中国法官负责起草判决书中有关中国的部分，并单独列为一章。他风趣地形容自己就像钻进国际法典、成千上万件证据和数万页法庭记录的虫子，每天在上面爬来爬去，生怕遗漏了重要的东西。他在助手杨寿林的帮助下，代表中国在东京审判的判决书写下了10余万字，这是判决中写得最快的一个部份，并且立即被法官会议采纳。

死刑适用之争

东京审判制定了共同遵守的诉讼程序，却没有一个共同的量刑依据。法庭进入最后的秘密评议阶段，各国法官在是否适用死刑的问题上，意见发生严重分歧。 由于各国法律对死刑的规定和观念不同，法官们各执己见：威勃庭长主张将战犯们流放到荒岛上；美国法官虽同意死刑，但他仅限于对发动太平洋战争和虐待美军俘虏的战犯适用；苏联法官坚决要求判处死刑；法国法官不同意判处死刑；更有甚者，印度法官竟然主张无罪开释全体战犯……。法官们为此展开了激烈地争辩，梅汝璈法官利用各种场合与各国法官磋商，但支持死刑的法官并不占优势，最后只能以投票的方式决定。投票前，梅汝璈法官做了“最后陈述”：“土肥原贤二和松井石根等战犯，双手沾满中国人民的鲜血，若不能严惩，我决无颜再见江东父老，惟蹈海而死，以谢国人！个人之颜面、生死均为小事。千百万同胞的血债必须讨还。请庭长考虑我的这一最后请求！”这让法官们大为惊异，他们难以理解梅氏这种“东亚式的执着”。最后投票的结果是六比五，仅以一票的微弱多数，远东国际军事法庭通过了对七名首恶处以死刑的判决。他后来回忆：“如果当时没有判处日本战犯死刑，我真不敢想象自己会怎样！”可见“蹈海而死”不只是一句外交辞令。一个我们今天看来天经地义的判决却如此来之不易。

上诉受理之争

宣判以后，日本战犯辩护团向驻日盟军总部提出重新审查判决的申请，盟军总部接受申请后召集战胜国商讨，最终驳回了申请。美国陆军部派出为日本战犯辩护的律师又向美国最高法院提出上诉，美国最高法院竟决定受理上诉，这是此前对德国战犯的纽伦堡审判中没有出现过的新情况。梅汝璈法官、荷兰的罗林法官、向哲浚检察官等法官、检察官均表示美国最高法院无权受理“上诉”，更无权审查远东国际军事法庭的判决。梅汝璈法官说：“美国最高法院同意受理的决定犯有极大错误。如果代表十一国的国际军事法庭做出的决定还要由一国的法庭审理，不管这一国法庭有多高，也不禁会使人担心任何其他过紧行动都同样会受到一个国家的任意重审和改变，这势必开创国际合作之危险先例。”在各方面的压力下，美国最高法院最终驳回了日本战犯的上诉请求。1948年12月22日，东条英机、土肥原贤二、板垣征次郎、松井石根、广田弘毅、木村兵太郎、武藤章7名罪大恶极的日本战犯在东京巢鸦监狱被处以绞刑。

法袍之争

东京审判结束后，中国的法官、检察官们也面临着自己人生的抉择，其中很多人选择了为新中国的法制事业贡献自己的力量。 梅汝璈先生先到香港隐居，期间他拒绝了国民政府政务院委员兼司法部长的任命。经清华校友乔冠华联络，1949年12月，他经青岛秘密抵达北京。周恩来总理说：“他为人民办了件大好事，为国家增了光，全国人民都应该感谢他！”1950年，出任外交部顾问，并被推选为外交学会常务理事和法学会理事；1954年，当选为第一届全国人大代表和第二届全国政协委员。但在1957年“反右运动”中，他被打成右派；“文化大革命”开始后，受到了更加严重的冲击。红卫兵抄家时搜出了他东京审判时穿过的法袍，质问：“你保存这东西，是不是盼着国民党回来变天？”在东京审判期间，他的发言使用的是流利的英语，次次掷地有声；这次轮到使用母语发言，他更是当仁不让：“国民党给我那么大的官我都没做，我是一个被国民党通缉的要犯。说句笑话，要是真复辟了，我人头落地恐怕还要在各位青年之先呢！”红卫兵试图要烧毁法袍，他严厉地说：“你们知道这是什么吗？不知道就让我告诉你们。这是咱们中国人历史上第一次审判外国人时穿的衣服，是民族尊严的见证！” 红卫兵理屈词穷，放过了法袍。晚年“靠边站”的梅汝璈先生全力投入《远东国际军事法庭》的撰写，但只完成了这部巨著的前四章。1973年，梅汝璈先生病逝于北京，年仅69岁。1976年，家人遵照他的遗嘱将他参加东京审判时穿的法袍、帽子和一尺多厚的东京审判判决书中文原稿无偿捐献给国家。今天，这套“衣钵”完好地保存在国家博物馆里。

其他
中国人民没有忘记自己的英雄，东京审判60周年之际，先后举办了一系列与梅汝璈先生有关的纪念活动：江西省文化部门开始修缮位于南昌青云谱朱姑桥梅村的梅汝璈故居；电影《东京审判》以梅汝璈法官的视角展开，梅氏风骨再现无遗；江苏新华发集团有限公司捐款1200万元在清华大学设立“新华发——梅汝璈法学讲席教授基金”；梅氏后人——梅小璈、梅朝荣参与编著的梅氏传记、日记和法学著作先后出版或再版。关于他的学术成就，《梅汝璈法学文集》的编者范信忠教授说：“梅氏关于英国法制史的研究已经达到了很高的境界，有些认识水平甚至是我们上世纪80年代编《外国法制史》教科书时尚且不及的。”
古话说“知子莫若父”，反之亦然。梅小璈的一段话恰如其分地道出了他眼中的父亲：“我能够体会到父亲那代人的责任感都是特别重的，有种强烈的家国意识，对个人的前程、利益计算得相对不那么多。我在读父亲的日记时发现，他在国外的时候，哪怕一些小事也会让他很自然地联想到自己的国家。并没有什么人要求他那样做，他们那代人好像都有种自觉的责任意识。另外他们那一代知识分子还有着很强的传统士大夫精神，闲适、散淡、平和、中庸，怨而不怒、哀而不伤。不只我父亲是这样，而是那个时代造就了一批这样的人！”
梅氏不禁让人回想起英雄辈出的先秦时代，特别是《史记、廉颇蔺相如列传》中记载的“完璧归赵”、“秦赵渑池之会”和“负荆请罪”。战国末年的中国与四十年代的世界都是“乱世”，梅汝璈先生作为一介书生和“文臣”，却能够在“秦强而赵弱”的情况下，“不畏强秦”，据理力争，“使不辱于诸侯”；在遭受不公正待遇后仍忍辱负重，著书立说，为我们留下了关于东京审判极具历史学和法学研究价值的文献；其间的诸多细节也展示了梅氏作为传统中国法律人的巨大人格魅力。